Za nieprawidłowe i nieterminowe składanie JPK grożą kary grzywny, które mają charakter fakultatywny, co oznacza, że są nakładane przez Naczelnika Urzędu Skarbowego w drodze decyzji administracyjnej. Jeżeli US wezwie nas do złożenia JPK lub skorygowania błędu, a my nie wykonamy tego w terminie, grozi nam kara w wysokości do 500 zł. Podlegamy także karze administracyjnej, jeżeli sami zauważymy błąd, na nie wprowadzimy zmian w terminie 14 dni. Kary skarbowe są także nakładane za niezłożenie w terminie lub w wymaganym formacie JPK, a także za złożenie z JPK z nierzetelnymi i wadliwymi danymi. Wysokość kary skarbowej wacha się między 280 zł a 56 000 zł za wykroczenie skarbowe oraz między 933,33 zł a 26 879 040 zł za przestępstwo skarbowe. Zależna jest od rangi i charakteru uchybień.